Wie schon in den Jahren zuvor baut man im Juniorenbereich auch in der Saison 2008/09 auf eine Kooperation mit dem FC Silheim. So schickt man heuer sechs Spielgemeinschaften von den F- bis zu den A-Junioren ins Rennen. Lediglich die E-Junioren treten als eigenständiges Team an. Die F-Junioren, die D1-Junioren und D2-Junioren (als FC Silheim I bzw. FC Silheim II) sowie die A-Junioren tragen ihre Heimspiele in Silheim aus. Die C-Junioren und die B-Junioren spielen in Bühl, ebenso wie die E-Junioren.